公元2030年，經歷了4次世界大戰的世界面臨更嚴峻的挑戰。隨著人類義體化等科技的不斷發展，犯罪行為也日漸離奇復雜。為了解決這類案件，日本內務省的直屬部隊——公安9課，這個對外不存在的特種部隊，在隊長草薙素子的帶領下向惡勢力發起制裁。而面對公安9課的，是高度發達的科技下創造的案件、權力政治鬥爭的陰謀、與以笑臉男為代表的Stand Alone Complex犯罪。
